Tenha em mente que as licenças de uso da Elecbyte sobre o Mugen se expiraram, e parece que uma nova licença jamais será lançada. Certamente, qualquer distribuição do MUGEN não foi autorizada pela Elecbyte e por isso mesmo é ilegal, embora a Elecbyte nunca tenha tomado nenhuma ação legal, ela simplesmente sumiu sem nenhuma explicação. Muitas pessoas escolheram continuar usando o Mugen mesmo sem uma licença nova. No entanto, criações como personagens e cenários não são parte da licença de uso da Elecbyte, apenas o software. Então é uma escolha individual decidir se viola ou não a licença da Elecbyte usando o Mugen. Elecbyte não dá notícias ao público desde 2003 quando eles alegaram que o projeto "travou" (hit a snag). Essa, na verdade para muitas pessoas, foi uma desculpa para eles terem sumido do globo, deixando os usuários e criadores sem alternativa nenhuma.
Algumas pessoas questionam sobre a leagalidade de personagens e cenários, já que são feitos com sprites e sons ripados de jogos comerciais. Algumas comunidades apostam numa fraca "regra de tempo de lançamento", aonde eles não permitem criações de jogos muito recentes, fato que é tão contestável como o próprio lançamento da Rom. Nas comunidades brasileiras, esta regra não se aplica, pois se há uma ROM disponível então não há problema algum de se usá-la para criar personagens e cenários de Mugen. Apesar disso não ter nenhum impacto na legalidade do material, isto foi usado para evitar pressão das detentoras originais dos direitos autorais.
PORÉM, Empresas como a Capcom, SNK e outras encaram isso como um fanart. Tal informação pode ser consultada na versão em inglês deste artigo.
O material de trabalho tem dois tipos de direitos autorais: o conteúdo do SFF (formato de sprite, baseado em imagens PCX) e o SND (formato de áudio baseado em WAV) são propriedades dos respectivos detentores, como Capcom, SNK, etc; Os outros arquivos, como o CMD (arquivo de comandos), AIR (arquivo de animação) e CNS (constantes e definições de states, o pricipal arquivo do Mugen) são propriedades do autor do personagem, cenário e outros. A Elecbyte explicou que a razão dos códigos serem baseados em texto puro é justamente para que os criadores possam aprender um do outro (similar ao código aberto do software livre), mesmo que isso seja alvo de muita controvérsia a respeito de permissão (ou falta dela) entre os criadores.

É como no outro caso Igans vai da conciência de cada um, mas se a empresa sumiu do mapa literalmente acho que não há nada de mais em continuar usando o Mugen, mas o Mugen está se instinguindo a cada dia que passa, já vi muitas pessoas falarem isso em fóruns conceituados no assunto, alguns sites grandes de Mugen até já se tronaram sites com conteúdos explicitos deixando a parte de Mugen totalmente de lado...